战略研究中心是北京大学的实体学术机构，实行主任负责制，并设立科学顾问委员会、学术委员会和管理委员会。

战略研究中心主任：李立明 北京大学博雅特聘教授，国际欧亚科学院院士、英国皇家医学院公共卫生学院最高荣誉院士。曾任中国疾病预防控制中心首任主任，中国医学科学院 / 北京协和医学院党委书记、常务副院校长。

科学顾问委员会主任：郝平 北京大学校长，十九届中共中央委员会候补委员、十一届全国政协委员。曾任教育部副部长、中国联合国教科文组织全国委员会主任、中国红十字会副会长、联合国教科文组织 37 届大会主席。

学术委员会主任：韩启德 北京大学前沿交叉学科研究院院长，中国科协名誉主席，中国科学院院士、第三世界科学院院士、美国医学科学院外籍院士。曾任北京大学常务副校长兼研究生院院长、医学部主任，第十、十一届全国人大常委会副委员长，政协第十二届全国委员会副主席。

管理委员会主任：詹启敏 北京大学常务副校长、医学部主任、深圳研究生院院长、深圳北京大学香港科技大学医学中心主任，中国工程院院士，国家自然科学基金委创新群体首席专家，国家 973 重大基础研究项目首席科学家。曾任中国医学科学院副院长、北京协和医学院副校长。

中心拟聘请国家相关部委、疾控和医疗机构、社会团体以及国内外著名大学和科研院所的多学科资深专家组成科学顾问委员会和学术委员会。